キーボードショートカットとマウスジェスチャのカスタマイズは基本的に起動したままOpera 本体から GUI できますが，ツールバーとメニューは切り替えられるだけでカスタマイズは出来ない．

ですが，Opera-Wikiの設定ファイルの編集 にあるように一度 Opera を終了して編集，起動して確認．調整にはまた終了して編集というのを繰り返すのはやや面倒なうえ，まれにいつまでも終了しなかったりよくわからないトラブルに巻き込まれたりするので起動したまま書き換えられればそれに越したことはない訳で．

というわけでその手順．

メニューをカスタマイズする場合．

• Ctrl+F12 で設定ダイアログを出す
• 「詳細設定」タブで「ツールバー」を選択．
• 「メニュー」の「Opera Standard」を選択して「コピー」．
• 新しくできた「Copy of Opera Standard」を選択して「Ok」で設定ダイアログを閉じる
• opera:config#UserPrefs|MenuConfiguration で設定ファイルのパスをコピー．
• 再び Ctrl+F12 で設定ダイアログを出し，「メニュー」を「Opera Standard」に戻してダイアログを閉じる．
• Opera を起動したまま適当なエディタで先ほどコピーした設定ファイルを開いて編集する．
  • 編集したセクションだけを残すなど，編集に関する注意事項はOpera-Wikiの設定ファイルの編集と同じ
• 編集が終わったら設定ダイアログを開いて「Copy of Opera Standard」を選択してダイアログを閉じる．
• 新しいメニューに変更されているので動作を確認する．
• さらにカスタマイズしたいときには，また「Opera Standard」に戻して編集して「Copy of Opera Standard」に切り替えてを繰り返す

というように，編集したいメニュー設定と別の設定を用意しておいて適宜切り替えれば Opera の終了と起動を繰り返すことなく確認はできる．

メニューだけでなく，ツールバーとスキン（一部）も同じようにできる．